Несмотря на признание ШОС со стороны мирового сообщества в качестве действенной региональной организации, перед ней все еще стоит комплекс нерешенных вопросов. Прежде всего — это афганская проблема, которая после вывода войск международной коалиции может стать главным дестабилизирующим фактором на пространстве организации. Наряду с этим повышается значимость проблемы сохранения политической стабильности в ряде центральноазиатских стран. Речь идет о необходимости повышения эффективности механизмов по реагированию на чрезвычайные ситуации на территории стран-участниц.